《学校怪谈》基本上是以与校园有关的人物及场景为背景，由一个个短小精炼让人惊栗的灵异故事所组成。不过它的涉及面远远超出了学校范围，延展至日常，渲染出介乎真假之间、光怪陆离、恐怖猎奇的鬼魅世界。一天夜里，值班人员发现已封闭的旧校舍亮着灯，在进去搜寻时灯突然熄灭了，在回过头的一瞬间，······
在到外公家的途中，早月看到了其父母都曾就读的天川小学，虽然有新校舍，但残破不堪的旧校舍却给她留下了不好的印象。到达了外公家后，早月很不幸地被站在露台上的ハヅメ看到XX，二人就这样初次认识了······
第二天要到新学校报到的路上，早月发现敬一郎带着卡雅回校，但一不留神卡雅就从敬一郎的书包里跑了出来，并迅速地溜进了旧校舍。为了找回卡雅，早月和敬一郎闯入了已封闭的旧校舍。
在旧校舍里，早月和敬一郎被尾随而来的青山和柿木吓了一跳。被青山阻止的早月立刻与他们争论起来，此时，门口出现了一个少女的身影······经过桃子的解释后，青山和柿木很爽快地答应帮她找帽子，在早月的抱怨下众人便一起出发了，但与此同时，门口也自动锁起来了······
从在二宫金次郎石像头上拿到桃子的帽子开始，奇遇就陆续有来---人面狗、厕所鬼魂花子、无头骑士、手毛怪······众人在惊慌失措下逃回门口，但却发现门被锁上······接着，天之邪鬼出现在众人面前，并······在吸收了恐惧后天之邪鬼对他们展开攻击。逃到了校长室的他们发现了偎依在神山校长的照片上的卡雅，凝视着照片的早月无意中找到了暗藏的妖怪日记······
当他们离开时已经是下午放学了，完成封印后，以为松了口气的早月却再次听到天之邪鬼的声音，原来······