《叛逆的鲁路修 R2》讲述了不列颠帝国依靠超级武器——人形的机器人Nightmare Flame吞并了许多国家，其中也包括了日本。男主人公鲁路修身为帝国的王子，作为人质正好在日本目睹了这一切，他决定毁灭掉万恶的根源，自己的祖国。一次意外的事件将鲁鲁修和朱雀卷入了布里塔尼亚军对“11”的屠杀中，鲁鲁修从一位神秘却有着神奇力量的少女C.C.的身上得到了名为GEASS的力量，可以控制别人精神的绝对力量。鲁鲁修决心以此为武器来破坏布里塔尼亚帝国的强权统治，为了替母亲报仇，并缔造一个能让妹妹娜娜丽幸福生活的世界。杀死第三皇兄克洛维斯，组办黑色骑士团……他蒙着面，称自己为“ZERO”。而他在日本的好友朱雀和他出于同样的目的，却走上了相反的方向，加入了不列颠军队，并且不赞同ZERO为了建立新世界而杀死很多人的做法……